「導入」-「会社設定」-「会社銀行」タブで手数料の設定を行います。また、サブツールバーの「グループ銀行設定」にて合併した銀行を設定することで他行ではなく同行他店扱いで手数料を計算します。
ご回答ありがとうございます。今後の参考にさせていただきます。