上書きされます。「支払確定」で金額を修正し、登録した後、サブツールバーの「支払伝票転送」から転送を押すと、下の画像のように、以前の支払伝票を削除してから支払伝票転送が行われる内容の確認メッセージが出てきます。処理を進めて良い場合は、「はい」を選択します。