要素の付け替えのみを行った工事とは、仕入伝票入力にて金額の変更はなく、要素内訳のみを変更した工事です。
「工事別原価管理表」で「条件設定」-「条件設定1」-「金額/残高表示」にて「期間内の原価（≠0）のみ表示（プラス/マイナスで合計0円を含む）」を選択してください。
この設定にすることで、期間内の合計原価は0円でも、同額のプラス金額の伝票とマイナス金額の伝票が入力されている場合は抽出対象となります。