メッセージが出る原因として、2通り考えられます。

１．該当の工事に予算が登録されていない場合
画面上部の「見積/予算」-「予算入力」をクリックすると、発注入力を開いたまま該当の予算を作成/登録できます。

［工事登録］-「基本情報２」-「予算オーバーチェック」の設定により予算が登録されていない工事は予算オーバーのチェック対象外にすることが可能です。
詳しくはこちらをご確認ください。

２．予算は登録されているが、予算と発注で明細の入力内容が異なっている場合
［初期設定］-「発注情報」-「予算オーバー階層」にて設定されている階層ごとに予算と仕入を照らし合わせます。
「費目」「工種」「種別」「品名」のいずれかを選択している場合、予算入力と発注入力で入力内容が異なっていると、メッセージが出ます。

階層ごとではなく、予算全体で金額のチェックを行いたい場合は「予算オーバー階層：予算全体」に設定します。
また、［初期設定］-「発注情報」-「予算オーバー」にてメッセージの表示・非表示を設定できます。