勤怠項目として設定する方法があります。

①「導入」-「初期設定」-「勤怠情報」タブを開きます。
②勤怠テーブルにある空いている勤怠項目を使用します。
有効区分にチェックをつけ、単価名に「有休」と入力し、単位を設定します。
工事台帳・終了端数・金額端数も必要に応じて設定します。
設定完了後、登録ボタンを押下します。

③「導入」-「社員登録」-「基本情報２」のタブを開きます。
④有休の単価を設定し、登録ボタンを押下します。
⑤「勤怠入力(社員別)」を開きます。
⑥「就業内」に0、「有休」に１を入力します。そうすることで、有休の単価で集計されます。

変更後に入力していく勤怠に反映されます。
過去分にも反映させる場合は別の処理が必要になりますので、こちらをご確認ください。