「業者登録」-「基本情報」タブの「消費税端数」で設定できます。
設定を変更した場合、変更後に入力するデータは設定した端数設定が反映されます。
登録済みのデータも反映させたい場合は、「ファイル(F)」-「管理者機能」-「伝票データの整合機能」から整合処理を行います。

【伝票データの整合機能の実施方法】
「ファイル(F)」-「管理者機能」-「伝票データの整合機能」を開き、以下の通り設定します。
　区分選択：「仕入伝票」
　業者：「今回、消費税端数を変更したい業者」を選択
　対象年月：「変更後の消費税端数の設定を適用させたい伝票の期間」を選択
最後に「実行」ボタンをクリックすると処理が行われます。

なお、誤って処理を実施した際に、データを元に戻せるように、事前にバックアップを取ってから実施することをお勧めします。