どっと原価NEOでは、「出力設定」画面の「Excelフリー設定」にExcel書式が保存されている「書式フォルダー」が表示されています。

表示されているExcel書式の保存場所をエクスプローラーで開き、Excel書式を削除することで、書式ファイルの選択から削除されます。
尚、Excel書式を削除する前に、誤って削除した時に元へ戻せるようにExcel書式の「バックアップ」をお勧めいたします。