追加分だけ転送することはできません。
当初、原価計上した仕入伝票を削除してから、「労災保険一覧表」の条件設定で追加があった工事だけを選択して、原価計上をし直してください。
転送し直すときに、前回と同じ原価計上日を選択すると他の工事の原価計上分が消えてしまうので、前回と違う原価計上日を選択する必要があります。