仕入が発注と紐づいていない可能性があります。「仕入伝票入力1・2」で、「発注参照」から仕入を登録し直すことで仕入と発注が紐づきます。なお、「初期設定」-「支払情報」の「査定方法」が「注文番号単位に査定する」の場合は、仕入を登録し直した後に、「支払査定」を再計算します。