仕入明細と立替明細では、主に以下の違いがあげられます。

＜仕入明細＞
業者からの請求額を入力します。
仕入伝票入力の仕入タブから入力します。
支払処理時は、仕入明細の金額が支払金額として計上されます。

＜立替明細＞
自社が立替払いした金額を入力します。
仕入伝票入力の立替タブから入力します。
支払処理時は、立替の金額が相殺として差し引かれます。

立替の詳しい入力方法はこちらをご確認ください。